Moléculas. 3 de diciembre de 2022; 27 (23): 8501. doi: 10.3390/moléculas27238501.
Desarrollo de reactivos de fosforamidita para la síntesis de oligonucleótidos lábiles en base modificados con un aminoalquilo lineal y un conector amino-PEG en el extremo 3'

Resumen

Los oligonucleótidos con un conector amino en el extremo 3' son útiles para la preparación de oligonucleótidos conjugados. Sin embargo, los nucleósidos químicamente modificados, que son inestables en condiciones básicas, no pueden incorporarse a oligonucleótidos utilizando el método convencional que implica la preparación de oligonucleótidos que llevan un conector 3'-amino. Por lo tanto, diseñamos fosforamiditas protegidas con Fmoc para la síntesis de oligonucleótidos lábiles en bases modificados con un conector 3'-amino. Las fosforamiditas resultantes se incorporaron después con éxito en oligonucleótidos que llevaban un conector amino 3'. Se investigaron varias soluciones básicas para proteger la eliminación de grupos. Todos los grupos protectores se eliminaron tratando los oligonucleótidos con metilamina acuosa al 40% a temperatura ambiente durante 2 h. Así, el tiempo de desprotección y la temperatura se redujeron significativamente en comparación con las condiciones convencionales (28% NH3 acuoso, 55 °C, 17 h). Además, los grupos protectores de oligonucleótidos podrían eliminarse usando una base suave (por ejemplo, solución de carbonato de potasio y metanol 50 mM). Además, se sintetizaron con éxito oligonucleótidos lábiles en bases que llevaban un conector amino en el extremo 3' utilizando los reactivos de fosforamidita desarrollados, lo que destaca la utilidad de nuestra estrategia.
Palabras clave: 3â²-modificación; conector amino; oligonucleótido lábil en bases; conjugado.

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